R/Bioconductorでmultifasta形式をsinglefasta形式に変換する
multifasta形式をsinglefasta形式に分割したい。webでそれらしきスクリプトを拾ったけど、LinuxでうまくいったのにMacじゃ動かなかった…。
— motthy (@motthy) 2013, 12月 19
クロスプラットフォームで簡単にインストール・実行可能なスクリプトと言ったらRですよね。というわけでやってみた。
「真の乱数」を生成してくれるrandomパッケージ
R Advent Calendar 2013 15日めの記事です。
Rにはrunif()などの乱数を発生させる関数が実装されていますが、これらはすべて擬似乱数です。
この擬似乱数は、主に一定の数式を元に生成された数列で、乱数の種(seed)を与えて生成します。
同じ値を与えれば同じ乱数列が得られるという利点があるいっぽう、「真の」乱数ではないという欠点があります。
それを補ってくれそうなのが、今回紹介するrandomパッケージです。
このパッケージは、大気のノイズを観測して乱数を生成しているrandom.orgに接続し、乱数を取得しています。
RANDOM.ORG - True Random Number Service
12/10にパッケージの0.2.2がアップロードされていたので紹介してみました。
新年
実家と隣家の親戚に年始の挨拶を済ませると、ふとどうしてもラボ用の鏡餅が欲しくなって、百貨店の初売り目当てらしき人でごった返す池袋をのしのし歩き、手頃な大きさの餅を手に入れそのまま根津のキャンパスへ向かった。
ラボに着いたときはまだ誰もいなくて、いい気になってiPhoneからイヤホンもせずに音楽かけてたら唐突に掃除欲が湧いてきて、そういえば学生居室は大掃除もしてないしいい機会だと思い実験室から70%エタノールを持ちだしてきて机の上からPCモニター以外を全部どけてモニターと机をがしがし拭き上げた。
日頃気づかないようでも埃やらいらない書類やらはそこここに溜まっていて、乗りかかった船だしと思い机をずらしてパーティションとの間に落ち込んで挟まっていた有象無象をクイックルワイパーで掃き出し、引出しとA4ボックスから溢れ出ていた不要不急の印刷物をビニール紐で簀巻きにして廊下に出した。
凝りだしたら止まらない性分で、キーボードのキートップも全部外したし貸与のドスパラ自作PCもカバーを開けて配線抜いて埃を拭いてとやっていたらキートップを戻すときにQWERTY配列の下段Mから右が「<>」こうなるはずの配置を何を考えたか「><」にしていたせいで笑っちゃうけど泣きたくなった。
そんなこんなをしているうちに年中無休の先輩がいつものようにやってきたのであけおめことよろの応酬して音楽止めてPCのカバーも戻して電源入れてRStudio立ち上げ年末にやってたRNA-Seqの可視化をつらつら再実行しながら遊んでいるうちに日が暮れた。
去年はよい年であった。今年もよい年であろう。